Le sale di questo Museo sono state arredate con tre banconi chimici e numerose vetrine che raccolgono gli apparati e gli strumenti della collezione, testimonianza delle differenti tematiche di ricerca portate avanti a Palermo e delle loro diversificazioni, specie dopo la fondazione degli Istituti di Chimica Organica (1951) e poi di Chimica Fisica (1961). Fu Stanislao Cannizzaro il primo ad impegnarsi, sin dalla sua nomina a professore ordinario di Chimica Organica e Inorganica nel 1861, affinché l’Università di Palermo si dotasse di un laboratorio di chimica, moderno e funzionante, destinato non solo alle ricerche del professore e degli assistenti, ma anche alle esercitazioni pratiche degli studenti